在打敗了長(zhǎng)久以來的勁敵、終極反派史萊德之后，神龜們也開始面對(duì)“成長(zhǎng)的煩惱”了，他們不再一起戰(zhàn)斗，而是開始專注于自己喜歡的領(lǐng)域，成了四個(gè)形單影只的“獨(dú)行俠”。這種情況讓他們的恩師斯普林特異常擔(dān)心，對(duì)于他來說，最重要的就是和四個(gè)情同兒子的家人待在一起。尤其是最近紐約市出現(xiàn)了一系列無法解釋的古怪事件，讓斯普林特更加眉頭緊鎖…… 原來非常富有的實(shí)業(yè)家馬克西米林安·J·威特斯培養(yǎng)收集了一支由古老的怪獸組成的軍隊(duì)，正在對(duì)這個(gè)世界虎視眈眈，而惟一能夠阻止他的，除了由超級(jí)神龜組成的忍者四人組，不做他想。里奧納多·達(dá)·芬奇、米開朗基羅、多納泰羅·愛因斯坦和拉斐爾，再加上一直以來都在幫助他們的忠實(shí)老朋友、女記者愛普爾·奧尼爾和凱西·瓊斯，神龜們?cè)僖淮伪黄冗M(jìn)入戰(zhàn)備階段。怪獸軍隊(duì)和臭名昭著的神秘忍者組織Foot Clan，他們都成了支持威特斯搞亂世界的幫兇。