公元1545年，戰(zhàn)國亂世。大名東鄉(xiāng)秀信手下，有一群忠心耿耿的忍者團，名叫影一族。白影率領(lǐng)忍者團接下一個新任務(wù)——偵察京極城下沉睡的新式兵器。赤影、青影、飛鳥三名忍者，戴著非地球金屬制造的護具及武器，悄悄潛入城內(nèi)。然而等待他們的卻是與根來忍者的一戰(zhàn)，飛鳥喪命，青影精神受挫離開了一族。 與此同時，京極城城主兼光神秘去世，其孫女琴姬決定假扮男子，承繼統(tǒng)治之權(quán)。下毒害死兼光的家老竹之內(nèi)，只好派根來忍者，前去暗殺琴姬。誰料，在竹之內(nèi)伸出魔爪之時，赤影卻搭救下了琴姬。隨后，不斷有意外發(fā)生，赤影打破了忍者的規(guī)矩。 得知竹之內(nèi)要抹殺琴姬及其家臣后，赤影決定阻止竹之內(nèi)邪惡的計劃，并立即展開了行動?？墒?，當(dāng)赤影成功戰(zhàn)勝竹之內(nèi)后，自己失掉了做忍者的資格，他決定靠自己走向新的人生之路。