持續(xù)旅行的小智皮卡丘一行，訪問(wèn)了流傳著「波導(dǎo)傳說(shuō)」的城鎮(zhèn)。在城市的中心奧蘭多城，舉行著數(shù)百年前使用了<世界創(chuàng)始之樹>的力量中止紛爭(zhēng)的 “波導(dǎo)之勇者——亞倫”的祭典。小智與皮卡丘決定參加今年勇者對(duì)戰(zhàn)。激烈的戰(zhàn)斗之后，獲得了冠軍的小智當(dāng)選為“波導(dǎo)之勇者”。城中舉辦了慶祝優(yōu)勝者的盛大宴會(huì)。突然幻之寵物小精靈“夢(mèng)幻”出現(xiàn)。然而夢(mèng)幻卻帶著皮卡丘消失了身影。與此同時(shí)，“迷之寵物小精靈”「魯卡利歐」數(shù)百年前的封印被解開，在小智面前顯現(xiàn)了身影的！皮卡丘在哪？夢(mèng)幻的目的是什么？還有，隱藏在魯卡利歐身上的過(guò)去和波導(dǎo)傳說(shuō)的秘密是什么？帶著所有謎團(tuán)，小智與魯卡利歐一起向著<世界創(chuàng)始之樹>開始了冒險(xiǎn)。