1999年某日，韓國正在舉行軍事演習，一名發(fā)狂的潛艇艦長想要發(fā)射導彈，被副長官伊索夫發(fā)現擊斃，為此伊索夫被軍事法庭判處死刑。然而伊索夫醒來發(fā)現自己并未死，卻身處一個秘密的軍事基地，原來韓國一直在秘密的研制核潛艇，潛艇的代號被成為“幽靈”。船上所有隊員都是沒有身分的幽靈。不久潛艇有了出海任務，在經驗豐富的老艇長的帶領下，潛艇秘密的向公海駛去。寂寞的海底生活并難不倒伊索夫，但是副艇長202卻似乎總用敵視的眼光看著他。有一天，船上發(fā)生了巨變，202殺死了老船長控制了幽靈號，向日本進發(fā)。面對此景，不愿引發(fā)日韓戰(zhàn)爭的伊索夫在船上開動了游擊戰(zhàn)……