U.C.0106年，在使地球圈的混亂局面終于平息下來后，聯(lián)邦政府決定再度開始新殖民衛(wèi)星的建設(shè)。這時，由宇宙住民中政壇與商界名門所鼓吹的宇宙貴族主義，開始在殖民衛(wèi)星中出現(xiàn)。0112年原型機(jī)型GUNDAM?RX-F91高達(dá)正式完成。 　　U.C.0123年，殖民衛(wèi)星Frontier?Side遭到自稱C.V.(死亡先鋒)的謎之MS部隊襲擊，在避難的人群中有GUNDAM?F91開發(fā)者之一莫妮卡·阿諾博士的一對子女西布克、莉絲，以及羅納家族的次女貝拉·羅納，又名塞茜莉·費(fèi)亞查爾德，羅納家族是C.V.的領(lǐng)導(dǎo)者，提倡貴族主義并欲統(tǒng)一殖民衛(wèi)星，建立「宇宙巴比倫空中花園」。 　　C.V.開始進(jìn)攻Frontier?2、3并將其制壓。因為缺少人手，西布克他們被拉人聯(lián)邦軍幫忙，也因此發(fā)現(xiàn)其母親開發(fā)的F91亦在此方舟內(nèi)(采用了生物電腦的F91，事實上是專為NEW?TYPE設(shè)計的)。莉絲還替機(jī)械師解答了母親在F91生物電腦中留下的謎題，這使得每啟動一次就會出故障的F91終于被完成了，又因“宇宙方舟”上只得比路基德一名駕駛員，故西布克被推上F91的駕駛艙，他的NEW?TYPE能力也開始漸漸地覺醒了。另一方面，回到羅納家的塞茜莉受到祖父邁茲亞的熱烈歡迎，并想讓她成為宇宙巴比倫空中花園的女王。被祖父一番剖白打動的塞茜莉剪去長發(fā)打算留在羅納家，并開始學(xué)習(xí)駕駛MS，教她駕駛MS的薩比尼是?C.V.中最強(qiáng)的“黑之部隊”隊長，她亦發(fā)現(xiàn)塞茜莉也是NEW?TYPE。 　　C.V.的最指揮官鐵假面，其真面目是塞茜莉的父親，原名卡羅佐，乃是強(qiáng)化人類，他在Frontier?4發(fā)表宇宙巴比倫宣言。而西布克亦趁機(jī)潛入羅納家的別墅，欲帶走塞茜莉未果，反而連累了自己的父親。回到“宇宙方舟，和其分別多時的母親相遇，不免責(zé)怪其母拋下他和莉絲埋頭于工作中。當(dāng)西布克和他的母親盡釋前嫌時，塞茜莉的母親娜蒂婭亦逼著希奧帶她去見自己的女兒，并要塞茜莉離開羅納家。不聽母親勸告的塞茜莉揚(yáng)長而去，此時娜蒂婭發(fā)現(xiàn)站在她身后的希奧己被鐵假面所殺，緊接著自己也被C.V.的士兵抓了起來。 　　不知情的塞茜莉與薩比尼一起奉命佯攻Frontier?I，而鐵假面則帶著他的艦隊占領(lǐng)Frontier?I的能量供應(yīng)裝置替其秘密武器“巴庫”提供能源。薩比尼的部下安娜瑪麗因嫉妒其上司對塞茜莉的過分關(guān)懷而倒戈，投奔“宇宙方舟”，和西布克等人一同迎擊C.V.的“黑之部隊”。當(dāng)安娜瑪麗的MS被薩比尼擊敗后，西布克亦與塞西莉的MS交鋒，最后兩人認(rèn)出了對方，塞茜莉回到西布克的身邊?！昂谥筷牎背吠撕蟛痪茫F假面的母艦上便放出大量“巴庫”進(jìn)入殖民衛(wèi)星中。“巴庫（BUG）”是一種專門用來殺人的兵器，它能感應(yīng)人的波長而上天入地將衛(wèi)星中的居民全部殺死!西布克，塞茜莉和比路基德三人奮力抵抗“巴庫”，卻沒有見效，比路基德當(dāng)場陣亡。西布克和塞茜莉設(shè)法將“巴庫”吸引到狹窄的通道中令其相撞?；氐侥概炆系乃_比尼，知曉鐵假面瞞著他和總帥邁茲亞制造了“巴庫”并企圖以此將月球和地球的居民全都抹殺之事后，立刻將鐵假面的副官處弄，并令余下的C．V部隊撤離Frontier?I。 　　察覺到塞茜莉背叛的鐵假面惱羞成怒，駕駛著最新的MA「拉普雷西亞」追擊塞茜莉和西布克。F91和塞茜莉駕駛的比基納·基納在拉普雷西亞的強(qiáng)大力量下毫無還手之力，比基納·基納被擊毀、塞茜莉被鐵假面抓出駕駛艙拋向茫茫的宇宙。憤怒的西布克發(fā)揮出F91真正的力量，使出有質(zhì)量的殘像“分身”將鐵面打打倒。戰(zhàn)斗結(jié)束后，及時逃出Frontier?I?的宇宙方舟緩緩駛向F91，薩比尼見宇宙方舟上搭載著大量的難民、又目睹到西布克失魂落魄地四處尋找塞茜莉的樣子，便放過他們帶著自己的部下悄悄離去了。西布克在其母親的指點下，運(yùn)用NEW?TYPE的感知能力，最終尋回了在無盡空間中飄蕩的塞茜莉。