時為十六年前。戴著面具的神秘男人將巨大的魔獸·九尾解放出來，遭受九尾襲擊的木葉忍者村面臨毀滅的危機。守護村子的方法只有一個。身為村子首領的第四代火影·水門，與其妻·玖辛奈一起，將九尾封印至出生不久的兒子·鳴人身上。二人以犧牲自己的生命為代價，才終于拯救了村子，并將其未來托付給了鳴人。 　　之后，時光流逝……。恐怖的忍者集團“曉”的成員，佩恩、小南、鼬、鬼鮫、蝎、迪達拉、飛段、角都等人，對木葉忍者村展開了襲擊！鳴人等人奮力迎擊來敵。然而，為何本該已死的“曉”成員會再度來襲？雖然殘留著這個疑問，達成危險任務的忍者們還是得到家族的贊賞。但另一方面，連父母的相貌都無從得知的鳴人，感到了無比的寂寞……正在此時，面具男在木葉忍者村突然現(xiàn)身了。 　　由于面具男新的神秘瞳術，鳴人與櫻周邊的世界開始扭曲并遭到吞噬。恢復意識的兩人看向四周，面具男的身影已經(jīng)消失。兩人在追尋面具男的行蹤時，卻發(fā)覺村子已經(jīng)開始產(chǎn)生了“某種異變”?？ㄎ?、綱手等木葉忍者村的同伴們的性格宛如變了一個人一般發(fā)生了變化。此外，就連佐助也回到了村子，而更加驚人的是本該已死的鳴人的父母水門與玖辛奈竟然復活了。 　　鳴人與櫻對眼前現(xiàn)實的突變感到困惑。然而，鳴人卻無法抑制再度與父母相見的喜悅之情。然而另一方面，這個世界由于面具男的存在而仍然面對著生死存亡的危機。面具男的目標是，寄宿在鳴人體內(nèi)的九尾之力。如今，木葉忍者村再度迎來毀滅的危機。 　　面具男看準隱藏在人類感情之中的弱點，開始他恐怖的陷阱和野心。而現(xiàn)在，代替曾以生命守護村子的父母的鳴人，也即將面臨自己的命運。