學(xué)院都市制造的宇宙電梯恩底彌翁（Endymion）即將完工之際，上條當(dāng)麻（阿部敦 配音）和茵蒂克絲（井口裕香 配音）偶然結(jié)識(shí)了名為鳴護(hù)亞理紗的無(wú)能力者少女（等級(jí)為0）。因?yàn)楣餐瑩碛型⒌氖秤?，茵蒂克絲與亞理紗情投意合。某天放學(xué)后，三人正享受快樂(lè)的時(shí)光，突然之間史提爾率領(lǐng)魔法師向他們襲來(lái)，而亞理紗正是他們襲擊的目標(biāo)。為何科學(xué)側(cè)的亞理紗會(huì)遭到魔法側(cè)群體的襲擊？與此同時(shí)，學(xué)院都市女領(lǐng)導(dǎo)（日笠陽(yáng)子 配音）帶領(lǐng)秩序維持部隊(duì)趕到，與魔法側(cè)展開(kāi)新一輪的較量……