影片故事講述一所羅馬尼亞研究所誕生的基因改造克隆人編號47的殺手故事。47的基因來自于世界上四大犯罪組織之首Lee Hong、Pablo Ochoa、Frantz Fuchs、Arkadij Jegorov以及其創(chuàng)造者科學(xué)家Otto Wolfgang Ort-Meyer。47兒時與其余約50名第四系列克隆人一同由研究所工作人員所撫養(yǎng)，接受槍械、搏擊及刺殺訓(xùn)練，30歲時發(fā)現(xiàn)研究所的一個保安漏洞后逃脫，不久受雇于提供刺殺與傭兵服務(wù)的秘密組織國際契約情報局并迅速成為情報局內(nèi)效能最高的殺手。 47性格內(nèi)向，沉默寡言，幾乎從不在言語間流露情感，只有西西里神父維托里奧（游戲《殺手2：沉默刺客》里的角色）及其情報局聯(lián)絡(luò)人戴安娜·伯伍德有較多交流。接受合約后47將嚴(yán)格執(zhí)行并完成刺殺目標(biāo)的任務(wù)，也會鏟除任何危及任務(wù)及得悉其身份的人士，即使是無辜者也不例外。他的最新目標(biāo)是一名正在試圖逃脫強(qiáng)大的神秘力量的年輕女性，這次任務(wù)將泄漏關(guān)于他和他獵物的驚人秘密，他們將追溯自己的過去。