故事發(fā)生在與櫻島遙遙相望的鹿兒島漁港。自當(dāng)作家的父親出海失蹤之后，長(zhǎng)田美緒就一直悶悶不樂(lè)，不再去上學(xué)。她偶爾會(huì)去水族館打工，此外就呆在父親留下的“金魚號(hào)”上眺望大海，和父親贈(zèng)給她的金魚一起過(guò)著平淡的生活。 受父親影響、從小就擅長(zhǎng)駕駛快艇的石黑清美是前途無(wú)量的“天才少女”。不料好友圣子在一次練習(xí)事故中意外喪生，內(nèi)疚的清美決定從此不再參賽。她回到鄉(xiāng)里的高中孤獨(dú)度日，不與任何人接近。 這兩個(gè)熱愛快艇、又有著心靈創(chuàng)傷的少女偶然結(jié)識(shí)，成了好朋友。她們根據(jù)美緒父親遺留的“寶藏地圖”，開著金魚號(hào)去無(wú)人島尋寶。兩人找到了一個(gè)箱子，里面收藏著美緒父親寫的小說(shuō)《海之金魚》。小說(shuō)講述了生活在小魚缸里卻向往著廣闊大海的金魚的故事。