葛小二懷疑兄長死因，報官后小白菜被捕。鄭光祖為救愛兒，串通藥店老板錢貴生竄改乃武藥方，并教唆仁賚騙使小白菜指證乃武。乃武功名被革，屈打成招，小白菜醒覺被騙，力圖翻供，但處理上訴的省府，巡撫亦為光祖賄賂，令楊家及乃武同窗翻案無從，冤沉海底。及至兩人解京，乃武妻鳴冤刑部，經尚書童瑩上奏，慈禧下旨六部會審，太史翁同和從旁定計，安排乃武，小白菜同牢作死前相會，并于隔室錄得全案實情，真相始告大白。結果，仁賚及貴生判死，各級官員皆被治罪。乃武雖無罪釋放，但飽受嚴刑后雙足已殘;小白菜得慈禧赦免后，即出家為尼。