故事發(fā)生在一個(gè)叫Aegis 7的星球上，人類(lèi)的采礦隊(duì)伍在開(kāi)發(fā)資源的同時(shí)發(fā)現(xiàn)了一座神秘的遺跡并把它完好的保留了起來(lái)。五個(gè)星期后星球上發(fā)生了一連串暴力襲擊事件，大批礦工神秘失蹤死亡。然而地球總部仍然決定把遺跡運(yùn)送到地球，作為科學(xué)研究。Ishimura（石村）號(hào)太空飛船成為了負(fù)責(zé)這次任務(wù)的主要單位。動(dòng)畫(huà)和漫畫(huà)中透露了遺跡和地球宇宙教會(huì)有著神秘聯(lián)系，把宇宙宗教這個(gè)科幻流行元素加入了整個(gè)故事。而游戲也在受襲擊后的石村號(hào)上展開(kāi)。 主角Isacc Clark作為營(yíng)救調(diào)查隊(duì)的隊(duì)長(zhǎng)必須在這條死船上找到逃生的方法，并且調(diào)查事件的起因。