淘氣小女孩雨果與父親賭氣后離開家，再次回到神秘世界尋找老朋友“啦啦”和“熊大叔”。在雨果和熊大叔、啦啦為重逢而喜悅之時(shí)，一個(gè)巨大的危機(jī)也悄然襲來，所有喝過水的生命都變小了。 　　原來是地下宮殿的鼠族首領(lǐng)番薯，偶然發(fā)現(xiàn)了遠(yuǎn)古的預(yù)言，它在危機(jī)爆發(fā)前吩咐鼠民囤聚了活水，它企圖借助這個(gè)危機(jī)將其它生命變?yōu)槭笞宓呐邸? 　　在番薯的兒子米粒的幫助下，雨果、啦啦、熊大叔得知找到水的源頭可以解除危機(jī)，三個(gè)好朋友踏上了拯救家園的艱難旅途，一路之上，他們與鼠族軍隊(duì)斗智斗勇，并與米粒和大臉怪成為了朋友。危機(jī)時(shí)刻，米粒讓番薯覺醒，他最終放下內(nèi)心的仇恨，決定與神秘世界的族民共同守護(hù)美麗的家園……