地球聯(lián)合（natural）與z.a.f.t.因為經(jīng)濟的摩檫而引起對立，正處于膠著狀態(tài)，兩者試圖循外交手段來解決糾紛，但種種問題把兩方塞在岔道中，最后終于宣布開戰(zhàn)。 地球聯(lián)合軍與z.a.f.t.之戰(zhàn)爭，已接近11個月了--在戰(zhàn)亂中的中立國的資源衛(wèi)星heliopolis受到z.a.f.t.的部隊突然攻擊，經(jīng)營二手店生意的rou本來在尋寶時，無意間在秘密基地發(fā)現(xiàn)了紅色的ms。原來這是大西洋聯(lián)合在秘密里生產(chǎn)的gundam?！? 在閃電式的作戰(zhàn)行動成功，z.a.f.t.立即有4部gundam在手中。在炮火中，學生吉良為了救路上的市民和同學，在偶然下卷入戰(zhàn)斗中，而他的好友艾斯拿也因此事件后成為敵人。艾斯拿投靠了coordinator一方，戰(zhàn)事就在一個偶然的一瞬間，產(chǎn)生了激烈的沖突…… 機動戰(zhàn)士的故事再一次揭開了序幕……