劇中尼古拉斯·凱奇所扮演的本開始了他在上一集中未完成的任務，并通過他一系列大膽的想象和天賦異稟的膽識和細心，完成了一個又一個壯舉。

    在上一集中本為自己家族昭雪后，本就一直在秘密追蹤著一個神秘人物，這個神秘人物與上集中在秘密記事本中出現的數字47有著密切的關系，關于這個數字的種種猜測在這一集中也得到了最終的解答，47并不是筆記頁數，也不是某一屆總統(tǒng)的家族秘史，而是代表了美國的另外一個秘密組織，與51區(qū)般同樣神秘無比的47號能源實驗室…… 　　

    該實驗室一直致力于研究新型能源，實驗室存在的時間是一個連秘密記事本中都沒有記載的謎，某天實驗室收集到了數顆神秘的星石，一種未知的新能源物質，在這種神秘星石的幫助下，實驗室對于新能源的相關研究也因此一日千里，然而變故也因此突生！本 在筆記中所看到實際上是一個交接給新任總統(tǒng)的秘密任務“找出并帶回被實驗室出逃人員所帶走的神秘星石”，任務成敗關系到這種能源的應用危機，如果該星石被別有用心之人應用于武器制造，將可能會帶來波及全球的毀滅性災難。 　

此外，神秘星石的真相也一直困擾著本，而本又無法從政府部門得到更為確切的信息，因此，在秘密追蹤出逃研究人員的同時，本也在靜悄悄的進行著各種相關研究調查工作，最終，本依靠萊利等人的幫助，在復活節(jié)島得到了一個重要的線索——“伊卡黑石”，雖然伊卡黑石本身并不是神秘的星石，但是卻給本指明了方向，新能源竟然與傳說中的亞特蘭蒂斯文明有著千絲萬縷的聯系！

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